بما أن المحكمة الاتحادية العليا هي الهيئة المختصة بالفصل في دستورية القوانين والقرارات والانظمة والتعليمات، طبقا للدستور يجب ان تكون هذه المحكمة محل ثقة الجمهور وكذلك القوى والاطراف السياسية والجهات المختلفة الرسمية وغير الرسمية في الساحة السياسية للدولة، واطمئنان الاطراف المختلفة على حيادية ونزاهة وتجرد المحكمة في ممارستها لعملها، يؤدي الى الاستقرار السياسي ويتبع ذلك الاستقرار الاقتصادي والاجتماعي، لهذا اكد الدستور العراقي النافذ لعام 2005 على استقلالية المحكمة الاتحادية العليا كهيئة قضائية مستقلة ماليا واداريا، وتم تأكيد ذلك ايضا في قانون المحكمة الاتحادية العليا رقم (30) لسنة 2005، حيث ذكر في المادة (1) من هذا القانون بأنه تنشأ محكمة مقرها في بغداد، تمارس مهامها بشكل مستقل، لا سلطان عليها لغير القانون.

وبما ان المحكمة الاتحادية العليا تعد من مكونات السلطة القضائية وفق المادة (89) من الدستور العراقي، ويؤكد هذا الدستور ايضا على استقلالية السلطة القضائية واستقلال القضاة وانهم مستقلون في قضائهم، لا سلطان عليهم في قضائهم لغير القانون، ولا يجوز لأية سلطة التدخل في القضاء او في شؤون العدالة، وفي الحقيقة على الرغم من ان المحكمة الاتحادية العليا جزء من السلطة القضائية، الا انها مستقلة ماليا واداريا.

 يجب ان تكون هناك ميزانية مستقلة للمحكمة الاتحادية العليا، وان التنظيم الدستوري للمحكمة الاتحادية العليا، يتطلب وجود نظام ديمقراطي حقيقي ووجود اكثر من قوى فاعلة في الساحة السياسية، بحيث يكون هناك نوع من التنوع في الافكار والبرنامج، بشكل لا يستطيع توجه معين من فرض نفوذه او هيبته في الدولة تنوع الثقافات والافكار يساعد على خلق ديمقراطية يتحقق فيها استقلال القضاء وكيفية اختيار اعضاء المحكمة الاتحادية العليا لها دور كبير في استقلال هؤلاء الاعضاء في ادائهم لمهامهم، ولشخصية القاضي وقناعته دور كبير في ترسيخ مبدأ الاستقلال وللراي العام والصحافة ومنظمات المجتمع المدني والفرد الواعي بحقوقه وحرياته، كل هذا من ضروريات خلق بيئة ايجابية لوجود محكمة رقابية، تستطيع الحفاظ على حقوق وحريات الافراد وتمنع أي خرق للدستور.